L’ANY a des liens privilégiés avec des partenaires avec lesquels elle a conclu des conventions :
- L’École Nationale Supérieure de Paysage à Versailles : inventaires
- Le Muséum National d’Histoire Naturelle : herbier Jovet
- L’Établissement public du Château de Versailles : Hébergement de l’herbier PHILIPPAR de BOUCHEMAN et restauration.
Des membres de l’ANY font partie, au titre de personnes qualifiées, de plusieurs commissions.
- Réserve naturelle nationale des étangs et rigoles d’Yveline : Comité consultatif de gestion et conseil scientifique
- GIP Seine Yvelines Environnement : Comité des Parties Prenantes
- Commission départementale des Sites et Paysages des Yvelines
- Conseil Scientifique Régional du Patrimoine Naturel
- Comité de pilotage de sites Natura 2000 (Yvelines et Val-d’Oise)
- Comité scientifique des réserves biologiques dirigées de la forêt de Rambouillet
- Société mycologique de France : Conseil d’administration
- Comité de suivi écologique des Forêts des Yvelines.